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上海ncRNA测序实验外包 

长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是指长度在200~100000 nt之间不具有蛋白编码功能的RNA分子。 它们存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式, 具有跨物种的低保守性,组织特异性表达和丰度低等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA,保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本, 而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能机制主要包括参与转录调控、转录后调控、蛋白质运输和mRNA降解。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点,借助高通量测序,研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。

实验技术路线: 

数据分析技术路线: 

http://www.genenergy.cn/upload/2013/8/15162516980.jpg

部分结果展示:


新lncRNA预测结果(上海ncRNA测序实验外包  

lncRNA-mRNA调控网络

样品要求 
1)样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。 
2)样品量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。 
3)样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥7。 
4)样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。 
5)样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

参考文献 
[1] The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res. 2012 22: 1775-1789.
[2] A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component of hybrid rice. PNAS, 2012, 109:2654-2659

应用案例 
Long Noncoding RNAs with snoRNA Ends . Molecular Cell, 2012, 48:219230
       利用NGS方法发现:一类双末端都含有小核仁RNA(snoRNA)的内含子序列在剪接发生过程中可以形成一类新型长非编码RNA,命名为sno-lncRNAs。在人类疾病Prader-Willi syndrome紧密关联区域存在五个sno-lncRNAs,它们在人源胚胎干细胞中表达量极高,且异常稳定。功能研究表明,这些sno-lncRNAs加工成熟后均聚集于其转录位点附近,形成一种全新的细胞核亚定位;它们同时还含有多个剪接调控因子Fox2蛋白的特异结合位点,从而可以像“海绵”一样吸附细胞核内的Fox2,调节Fox2在细胞核内的分布,进而影响Fox2对特异 mRNA底物的选择性剪接调控。这些sno-lncRNAs在PWS综合症病人中缺失,从而提示这些新的RNA分子可能与PWS综合症的病理发生相关。

研究结果 
1. 利用RNA测序发现候选的sno-lncRNA,并进行验证确认 。


2. 通过后续试验结果发现sno-lncRNA的调控机制。 

 

                                                                 

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